Λίμνες Πετρών – Βεγορίτιδα
Στα όρια των νοτιοδυτικών απολήξεων του Βόρα με τα χαμηλότερα βορειοανατολικά σημεία της λεκάνης του Αμυνταίου έχουν σχηματισθεί οι λίμνες Πετρών και Βεγορίτιδας, ως συνέχεια της υδρολογικής λεκάνης της Εορδαίας. Η λίμνη Πετρών είναι πολύ μικρότερη, δέχεται τα νερά από την λίμνη Χειμαδίτιδα και τροφοδοτεί με τη σειρά της τη Βεγορίτιδα. Είναι μια μεσοτροφική λίμνη, η μέση στάθμη της βρίσκεται σε υψόμετρο 572 μέτρων και η επιφάνειά της έχει έκταση οχτώ τετραγωνικά χιλιόμετρα.
Η λίμνη Βεγορίτιδα είναι από τις βαθύτερες λίμνες της Ελλάδας. Η περιγραφή της με τα τυπικά χαρακτηριστικά μιας λίμνης είναι ιδιαίτερα δύσκολη, αφού το μέγεθός της μεταβάλλεται συνέχεια, με τα νερά της να υποχωρούν γοργά τα τελευταία χρόνια, κυρίως λόγω της υπερβολικής άντλησης για τις ανάγκες του Υδροηλεκτρικού Σταθμού Άγρα, του Ατμοηλεκτρικού Σταθμού Αμυνταίου – Φιλώτα και της άρδευσης των γειτονικών γεωργικών εκτάσεων. Τα τελευταία χρόνια (1996, 1997) εμφανίζεται τάση μείωσης του ρυθμού πτώσεως της στάθμης της λίμνης ή σταθεροποίησης σε υψόμετρο 510 μέτρων περίπου. Έτσι, θεωρώντας τη στάθμη σε υψόμετρο 513 μέτρων, το μέγιστο βάθος της μπορεί να φθάνει τα εβδομήντα μέτρα, ενώ η επιφάνειά της έχει έκταση πενήντα εννιά τετραγωνικά χιλιόμετρα.
Αν και οι λίμνες αυτές και ιδιαίτερα η λίμνη Πετρών θεωρούνται σημαντικά υποβαθμισμένες, εν τούτοις παρουσιάζουν σημαντική ποικιλία οργανισμών και ιδιαίτερα πουλιών. Στη λίμνη Πετρών έχουν παρατηρηθεί περισσότερα από ενενήντα είδη πουλιών, ενώ στο σύμπλεγμα των δύο λιμνών, περισσότερα από εκατόν τριάντα, πολλά από τα οποία είναι απειλούμενα. Μάλιστα, στη λίμνη των Πετρών αναπαράγονται σπάνια είδη, όπως η Λαγγόνα (Phalacrocorax pygmaeus), η οποία έχει δημιουργήσει στην περιοχή μια δεύτερη αποικία στο νομό της Φλώρινας, εκτός από αυτή των Πρεσπών. Αυτές είναι οι δύο από τις τρεις αποικίες του είδους στην Ελλάδα, τις μοναδικές στην Ευρωπαϊκή Ένωση.
Από τα θηλαστικά εξέχουσα σημασία έχει η παρουσία της Βίδρας (Lutra lutra), γιατί θεωρείται πολύ καλός δείκτης καθαρότητας των νερών στα οποία ζει, άρα οι ελπίδες για διατήρηση των υγροβιότοπων αυτών σε ικανοποιητικό επίπεδο συνεχίζουν να υπάρχουν. Μοναδική είναι, τέλος, και η παρουσία ενός ψαριού στη Βεγορίτιδα, του Κορήγονου (Coregonus lavaretus).
